Wie bei Scheitholzöfen muss auch bei Pelletöfen die Asche entsorgt werden. Der geringe Ascheanfall bedingt
allerdings nur ein gelegentliches Entleeren des Aschebehälters.

Qualitativ hochwertige Holzpellets zeichnen sich durch ein Aschegehalt von unter 0,5 % sowie eine  Restfeuchte von unter 10 % aus. Diese Werte sind deutlich niedriger als bei anderen festen Biobrennstoffen. Je Gewichtseinheit und insbesondere auch je Volumeneinheit haben Pellets daher einen deutlich höheren Heizwert.

Eine saubere Verbrennung hinterlässt feine helle Asche. Größere Rückstände oder Rußpartikel zeigen eine unvollständige Verbrennung.

Je nach Größe und Ascheanfall muss der Aschekasten in Zyklen von einer bis mehreren Wochen entleert werden. Die im Pelletofen anfallende Asche kann als Dünger im Garten ausgebracht oder über den Hausmüll entsorgt werden.